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新疆农产品质量安全重点实验室（以下简称本实验室）成立于2014年，依托单位是新疆农业科学院农业质量标准与检测技术研究所，本着“公平、开放、协作”原则，立足新疆优势、特色农产品资源，从全产业链入手，以农产品质量安全领域的新理论、新方法、新技术、新标准等为研究重点，重视农产品质量安全与产业协调发展，着力解决农产品生产、加工、贮藏、运输等过程中的质量安全共性、关键科学问题，为我国农产品质量安全科技水平达到世界先进水平做出贡献，通过高水平的科学研究、高层次人才的培养和广泛深入的国际合作与交流，努力将本实验室建设成为具有国际影响力的高水平研究基地和人才培养基地。本实验室下设三个学科方向，分别为（1）农产品全程质量安全控制（2）特色农产品营养与功能因子评价（3）特色农产品真实性鉴别与溯源。本实验室现有专业科技人员44人，涵盖疆内外5个科研院所相关领域的专家。其中，博士8人，副高以上职称24人（正高13人），中级职称13人，初级职称7人。从整体来说，本实验室拥有一支由中青年组成的多年从事农产品质量安全学科的多个研究方向的科技队伍。实验室拥有重要大型仪器设备包括液相色谱串联质谱仪（4台）、飞行时间质谱仪（1）台、电感耦合等离子质谱仪（1台）等300余台套仪器设备。

2018年2月自治区副主席艾尔肯.吐尼亚孜莅临实验室调研

2019年9月举办新疆特色农产品品质提升与品牌保护技术学术研讨会

2021年2月召开新疆农产品质量安全重点实验室五年综合评估会

2021年8月开展农产品质量安全检测实验室开放日活动