“十三五”以来，微生物所聚焦微生物学科发展前沿，紧紧围绕新疆产业发展重大需求，先后承担国家“863”、国家“973”、国家重点研发、国家资源平台、国家自然基金等国家、自治区重大科技计划项目百余项，取得了一批具有国际、国内领先水平的科技成果，累计获得国家教育部、自治区、新疆生产建设兵团等科技进步奖14项，其中一等奖3项，二等奖12项，三等奖1项。

发表学术论文600余篇，其中SCI收录80余篇，获得国家发明专利40余项，软件著作权近30项；制定地区标准7个，有效推动了新疆乃至全国农业微生物学科的发展。