新疆农业科学院微生物应用研究所（以下简称“微生物所”）成立于1979年，是新疆维吾尔自治区唯一一家专业从事农业微生物领域资源挖掘、技术与产品研发的省级综合性研究所。研究所拥有一支素质高、创新能力强的科研人才队伍，现有职工50人，其中，研究员12人，副研究员25人，博士/在读博士18人。研究所下设微生物资源研究室、微生物环境研究室、农用微生物研究室、微生物检测研究室和科研成果转化中心、国家农业微生物乌鲁木齐实验观测站管理中心，形成了“四室二中心”的总体机构设置，并围绕新疆特殊生境微生物资源挖掘与利用；生防、促生、抗逆等微生物资源，以及动物益生菌的收集保藏、鉴定评价；微生物肥料、农业废弃物的资源化利用；微生物检测关键技术等主要研究方向，开展技术攻关和产品研发。

“十五”以来，微生物所聚焦微生物学科发展前沿，紧紧围绕新疆产业发展重大需求，先后承担国家“863”、国家“973”、国家重点研发、国家资源平台、国家自然基金等国家、自治区重大科技计划项目百余项，取得了一批具有国际、国内领先水平的科技成果，累计获得国家教育部、自治区、新疆生产建设兵团等科技进步奖14项，其中一等奖3项，二等奖10项，三等奖1项；发表学术论文600余篇，其中SCI收录80余篇，获得国家发明专利40余项，软件著作权近10项；制定地区标准7个，有效推动了新疆乃至全国农业微生物学科的发展。

特别是“十三五”以来，微生物所主持或承担完成的“中国高辐射污染区耐辐射微生物资源挖掘与研究”、“新疆荒漠绿洲稻区重大有害生物绿色综合防控技术研究与示范”、“新疆绿洲棉花连作障碍形成机制及调控关键技术研究与示范”、“新疆棉花主要病虫害灾变机制及绿色防控技术研究与应用”、“棉秸秆饲料化高效利用关键技术研究与示范” 等5项成果获得自治区科技进步二等奖，在相关领域形成了一批具有国内领先或先进的技术成果，研发出的多项技术、产品解决了产业发展的技术瓶颈，产品应用取得了显著的社会经济和生态效益，有效地为产业的健康持续发展提供了技术支撑。

微生物所科研平台设施条件完备，设备齐全，装备精良，建有面积2500 m²的国内一流区域性微生物研究平台，配套有专业的菌种保藏库和设施完善的发酵中试车间，拥有傅里叶变换红外光谱仪、全自动蛋白纯化系统、全自动DNA提取纯化系统、气相色谱质谱联用仪、液相色谱质谱联用仪、微生物鉴定系统、常温等离子诱变系统等10万元以上先进设备50余台套；中试车间配套有全自动的5L-10000L液体发酵系统和25L-250L固体发酵系统和相关后处理设备，发酵工艺参数控制系统处于国内先进水平，可满足农用微生物菌剂、发酵食品等产品中试研发和生产。研究所也是“国家农业微生物乌鲁木齐观测实验站”、“国家微生物资源平台农业微生物资源子平台”“国家级发酵工程引智成果推广示范基地”、“中国新疆－亚美尼亚生物技术研发中心”、“新疆特殊环境微生物实验室”、“新疆特殊环境微生物工程技术研究中心”、“新疆维吾尔自治区微生物学会”等平台的依托和挂靠单位。目前，新疆农科院微生物所已成为我国西北地区荒漠绿洲农业微生物领域科技创新和产品研发的重要基地。

未来，微生物所将依托学科、技术、人才和平台优势，进一步整合科技资源，优化学科布局，持续推进研究所“面向生产，面向应用”战略实施。围绕乡村振兴和农业高质量绿色发展，以自治区相关产业发展中的关键和共性技术为切入点，加大科技创新的力度，积极推进高水平成果的产出和转化。培养一支科研意识新、创新能力强、研发素质高的人才队伍，逐步建立起特色鲜明、学科设置合理、科技创新综合能力强，与新疆现代农牧业发展高度契合的“国内一流”省级微生物专业综合性研究所。