新疆农科院经济作物研究所成立于1979年2月，主要承担棉花、甜菜、油菜、油葵、红花、中草药等经济作物遗传育种、模式栽培、品种资源和新品种、新技术示范与推广。多年来，为提高自治区棉油糖生产水平，促进农业生产发展做出了贡献。

现设有九个研究室（长绒棉育种、早熟陆地棉育种、早中熟陆地棉育种、棉花生理栽培、棉花资源、甜菜育种栽培、油菜红花、向日葵育种和实验室）和管理科室（财务、科管、办公室），加挂新疆棉花研究所、新疆甜菜改良中心。建有乌鲁木齐国家棉花改良分中心、国家糖料改良中心乌鲁木齐分中心。新疆棉花学会挂靠在该所。

全所职工64人，科技人员63人，其中正高级职称25人，副高级职称21人；博士9人，在读博士生4人，硕士29人。国家优秀专家1人，享受政府特殊津贴2人，自治区有突出贡献专家2人，优秀专家2人，优秀青年科技工作者3人，优秀科技特派员1人。

建所以来，坚持科学技术面向经济建设、面向农业生产、面向农村的方针，长期在南北疆7个地州14个县的广大农村、科研基地上开展工作。承担了国家和自治区的重点研发任务、国际合作项目、国家计委基地建设、农业部基地建设、国家综合开发、自治区计委、财政厅等重大科技攻关和基地建设项目。辛勤的努力换来了丰硕的成果。先后取得科研成果107项，获奖成果90项，有42项技术成果获国家或省部级二等奖以上重大成果奖励。在“八五”全国农业科研机构综合能力评估中被评为百强研究所之一（位列18名）。

“十三五”以来，承担国家、自治区等科研推广项目203项，经费11500多万元；获国家、自治区级各类奖项25项；授权植物新品种权保护18项、专利67项、软件著作权98项；在国内外核心期刊发表论文230篇，SCI/EI收录31篇；主编、参编著作37部；编写自治区地方标准50项。受上级部门委托，编制了大量技术总结、产业规划以及咨询报告等，为自治区农业发展建言献策。

先后选育出优质高产棉花（陆地棉、长绒棉）、甜菜、油料等经济作物新品种55个。在南北疆累计创建科技示范点375个，示范面积43万亩，推广新品种6117万亩，推广各类栽培技术6350万亩。开展农业科技培训服务累计1614场次，直接培训农民、技术人员达28万人次，发放技术资料、宣传材料等13万份（册）。

在国家扶持下，经作所：

1．建有农业农村部批复的2个国家改良分中心：①乌鲁木齐国家棉花改良分中心；②国家糖料改良中心乌鲁木齐分中心；

2．建有农业农村部批复的3个原原种基地：①棉花原原种基地；②甜菜原原种基地；③油料原原种基地。

3．建有国家发展改革委员会批复的3个棉花育种家基地：①玛纳斯棉花育种家基地；②库尔勒棉花育种家基地；③阿瓦提棉花育种家基地。

4．投资建有3个科技实体：①玛纳斯县丰元棉花育种基地良种棉轧花厂；②库尔勒“新疆国家棉花原原种繁殖基地库尔勒市阿瓦提乡轧花厂”；③阿瓦提县农科院丰元科技有限责任公司。