土壤肥料与农业节水研究所成立于1979年2月，是以新疆农业资源与环境为研究对象的多学科综合性研究所，主要从事土壤利用与改良、作物营养与施肥、农田灌溉与节水、耕作与栽培、农业信息技术等学科领域的研究。针对自治区农业发展所面临的难点、热点问题，开展南疆多熟立体种植、盐渍化土壤高效利用、特色林果和特色经济作物提质增效、水肥一体化、农业遥感与物联网、土地评价与规划、设施农业增产增效、有机肥和生物有机肥应用、农村和城市废弃物资源化利用等研究、示范推广和技术服务。
围绕学科建设目标，以现有的课题组为基础进一步凝练3个学科6个专业方向团队，包括：1、干旱区农业资源高效利用学科：从资源角度，围绕高效利用干旱区土壤、水、养分、热等资源的目标，组建土壤肥力与肥料效益、作物营养与新型肥料、耕作与土壤环境、农业节水4个专业团队；2、农业资源环境信息技术学科：围绕星-空-地多源遥感、信息系统、农业物联网、GIS等技术在农业资源高效利用、环境保护等领域的方法与应用组建农业资源环境信息技术专业团队；3、绿洲农业环境保护学科：从环境角度，围绕绿洲农业、农村环境变化、保护的目标，组建农业面源污染防治专业团队。
现有职工77人，其中在编人员53人，聘用人员24人；高级职称37人（其中研究员19人、副研究员16人、高级工程师1人、高级会计师1人）；博士12人、硕士35人;享受国务院特殊津贴专家1人。
研究所下设办公室、财务室、成果转化室、作物营养与环境工程研究室、土壤质量与生态工程研究室、农业节水研究室、农业信息技术研究室和资源与环境公共实验室。拥有2000余平米的综合实验室，配备1200多万元仪器设备。
拥有国家级建设平台三个：农业农村部西北绿洲农业环境重点实验室、国家土壤质量新市区观测实验室、国家土壤质量阿克苏观测实验站。购置100万元以上实验仪器设备10台（套），其中：痕量温室气体监测系统1套、蒸渗仪3台、三重四级气相色谱仪-质谱联用仪1台、涡度相关仪1台、一体式土壤水温盐剖面测量系统1套、N2O/CO2田间气体测量系统1套、农田土壤呼吸自动监测系统1套、农田氮沉降在线观测系统1套。
拥有试验基地五个：灰漠土肥力与肥料效益长期监测站、农业部乌鲁木齐干旱绿洲生态环境重点野外科学观测试验站、农业部现代农业产业技术体系“棉花产业技术体系乌鲁木齐试验站”、“农业部新疆北部耕地保育科学观测实验站”和拜城农业试验站。自治区土地学会颁发的“土地规划乙级证书”。获得农业部耕地保护中心标准化实验室授牌。
近十年以来，取得科研成果45项，主持（含参加）获省部级以上奖励23项。获得国家授权专利82项，其中发明专利14项、实用新型专利68项；计算机软件著作权登记46项；发表CSCD论文335篇，SCI 17篇，EI 8篇，科普文章32篇，出版专著31部（含参编），出版实用新技术手册12部。
研究所立足植物营养与施肥、土壤利用与改良、农田灌溉与节水、耕作与栽培、测土配方施肥、农业信息技术、土地规划、分析测试等专业优势，加强与国内外科研单位和企业的产、学、研结合，开展成果转化和技术服务，取得显著的社会和经济效益。
近年来成果推广应用：
一、盐碱地资源利用方面：①生物有机肥改良技术：有机肥、黄腐酸和木醋液等有机产物有效改良盐碱地，提升作物品质及产量；②农林废弃物炭化改良技术：探明生物炭不同途径的改良机理，研发出葡萄、加工番茄和红枣炭基肥；③盐碱地综合利用技术：研发适宜重度盐碱地利用的生物改良技术-碱蓬、黑枸杞等。
二、植物营养与施肥技术：开展营养快速诊断，星-地-空遥感诊断与追肥技术应用研究等；建立黄腐酸磷酸二氢钾系列复合肥中试车间，在阿克苏区、喀什等地区林果、红枣、核桃等推广上施用黄腐酸磷酸二氢钾复合肥，应用效果显著，被全国评为100项重大成果之一。研发作物化肥减量增效技术，围绕棉花、小麦、果树、蔬菜等，在昌吉、奇台、哈密、库尔勒、阿克苏等，开展了化肥使用限量标准、有机肥替代化肥、精准水肥一体化技术集成与示范。
三、作物高效节水技术：果农双系统灌溉技术、磁化水灌溉技术、增氧、增温滴灌技术、微润灌技术、自压滴灌技术等。
四、林果综合技术示范推广：大力发展新疆现代林果业，改善生态环境，以林果综合技术（水肥一体化技术、测土配方养分分区精准施肥技术、有机肥深施技术、叶片营养诊断技术、叶缘焦枯病综合防治技术、高光整形修剪技术、功能肥、地面覆盖技术和林下经济等）推广，提升耕地质量，促进林果提质增效。
五、农业面源污染研究：开展研发农业面源污染防控技术；研究棉田、露地菜田等氮、磷淋溶损失数量、过程和影响因素，观测地膜残留污染效应，开展新型可降解地膜研发、农田残膜回收与资源化利用等研究，集成示范水肥一体化、农田地膜污染控制等清洁生产技术。
六、新技术应用与推广
1、农业信息技术应用：借助遥感、物联网等高新技术、搭建了“新疆耕地资源与农村经济数据共享平台”，构建全疆典型种植区物联监测网，提升新疆农业精准化、信息化与智能化发展水平。
2、生物降解膜应用技术：建立2000吨生物降解膜中试车间，承担国家农业部降解地膜公益性行业专项、自治区科技厅降解地膜重点研发项目、自治区党委农办南疆三地区降解地膜示范推广项目，为自治区解决白色污染探索有效途径。
3、生物菌肥高效应用技术：通过引进、筛选、试验和二次转化，形成自主知识产权，在吐鲁番市大河沿镇和温宿县等地建立中试车间，生产一万多吨生物有机肥，在奇台、温宿、叶城、疏勒、洛浦等县小麦、玉米、棉花、甜瓜、林果（红枣、核桃等）上应用，提质增效显著。
4、农牧结合，新技术应用取得新进展：林下牧草、饲草油菜、水培牧草等技术应用效果显著。
新疆农业科学院土壤肥料与农业节水研究所以肥料技术、节水灌溉技术、设施农业技术、作物耕作与栽培、农业信息化技术、土地规划为核心，依托学科专业优势，实现资源优化合理配置和市场转化。坚持以现代科技为支撑、以服务“三农”为己任、以增加农民收入为目标，不断加大研究与成果转化推广力度。
