新疆农业科学院园艺作物研究所成立于1979年，现有加工番茄、辣椒、蔬菜栽培、红枣、核桃、苹果、葡萄、扁桃、香梨、杏等十个创新团队。面向新疆，针对主要特色林果、蔬菜等园艺作物产业技术发展需求，以园艺作物种质资源与新品种培育、优质高产栽培以及加工技术研究方向，重点开展特色果树和加工番茄、辣椒等园艺作物品种资源收藏、评价、利用以及优质、丰产、专用新品种培育，优质高产栽培与设施栽培技术研究集成、果品加工工艺技术与产品研发以及新品种、新技术、新产品的示范推广、成果转化和技术培训服务，为自治区园艺产业持续发展和农民增收提供技术支撑。

目前全所在编职工56人，其中科技人员53人，科辅人员3人，中共党员36人。全所研究员17人，副研究员20人，中级研究人员15人。现有博士后5人、博士19人。2023年引进德国慕尼黑工业大学、中国农业科学院、南京农业大学、西北农林科技大学等科研院校的优秀青年博士10名，引进中国农业大学、中国农业科学院深圳农业基因组研究所、北京市农林科学院特聘专家3人。