新疆农业科学院植物保护研究所成立于1955年，是新疆维吾尔自治区唯一一家专业从事农林有害生物研究与防治的省级综合性研究机构。研究所现有职工47人，专业技术人员42人，硕士13人，博士22人（包括在读博士8人），有国家百千万人才工程入选者、享受国务院特殊津贴1人、天山领军人才1人、天山英才4人、自治区优秀专家1人和新疆青年科技奖1人、国家糖料产业技术体系甜菜虫害防控岗位科学家1人、国家食用菌产业技术体系新疆综合试验站站长1人。研究所拥有一支素质高、创新能力强的科研人才队伍，其中研究员19人，副研究员16人，高级职称人员占职工总人数的74.46%。研究所下设病害研究室、虫害研究室、农药研究室、杂草鼠害研究室。重点研究方向：粮食作物病虫害综合治理、棉花重大病虫害综合治理、果树重大病虫害综合治理、蔬菜病虫害综合治理、农林外来入侵生物防控、转基因作物监测和生态安全评价、食用菌驯化与栽培、特色农作物有害生物综合防控治技术、农药抗性研究、杂草鼠害研究等。

目前新疆农业科学院植物保护研究所拥有设施条件完备、设备齐全的实验室4450 m²，用于有害生物鉴定、快速检测、监测预警、生防菌资源研究与应用、农林外来入侵生物防控技术、昆虫天敌资源及优势天敌人工繁殖研究、农作物抗病、抗虫基因的挖掘和利用转基因作物安全评价的各类设备千余套，现有万元以上仪器设备123台（套），总值2050余万元，其中液相色谱三重四极杆质谱联用仪（农残）、质谱用高压液相色谱、气相色谱仪、荧光分光光度计、全自动化学分析仪、双模式数字化昆虫雷达、动物行为观察记录系统、实时荧光定量PCR仪、全自动电泳仪、超速离心机、遗传分析系统、超景深三维显微系统、倒置荧光显微镜等10万元以上大型仪器63台（套）。

近些年来，根据新疆植保科技事业发展的需要，新疆农业科学院植物保护研究所依托国家和自治区各类平台项目，先后投资4000余万元，建成“农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室”“国家植物保护库尔勒观测实验站”“国家天敌昆虫库尔勒观测实验点”“农业部库尔勒作物有害生物科学观测实验站”国家级研究平台4个；“新疆特色林果产业国家地方联合工程研究中心-新疆绿洲林果有害生物治理研究分中心”“新疆农科院植保所农林害虫天敌繁育中心”“新疆农科院植保所转基因棉花环境安全监控试验基地”“新疆农科院植保所农药生产中试基地”等省级科研平台4个的技术支撑单位。目前拥有野外基地608亩、温室2100m²、网室400 m²、冷库400 m³、蔬菜大棚780m²。此外新疆农业科学院植物保护研究所还是“新疆维吾尔自治区植物保护学会”的挂靠单位。

“十二五”以来，新疆农业科学院植物保护研究所积极跟踪植物保护学科前沿动态和发展趋势，围绕新疆农业产业的重大需求，先后承担了国家“863”“973”、国家自然科学基金、国家重大研发等各类科研项目百余项。累计取得省级科技成果35项，获奖成果19项，其中获自治区科技进步一等奖1项、二等奖10项、三等奖2项；获中华农业科技奖科普成果奖1项、中国植物保护学会科学技术二等奖、三等奖各1项。获得国家发明专利23项、实用新型专利35项、计算机软件著作权36项；出版专著27部、发表论文323篇、其中SCI收录57篇。

长期以来，新疆农业科学院植物保护研究所致力于新疆植保科技进步和先进植保技术的推广应用，研发了一大批具有国内领先或先进水平的技术成果，在生产上得到了广泛的应用，有效的解决了我区农业生产上存在的多项重大植保技术难题，取得了显著的经济、社会和生态效益，有力地推动了新疆农业生产的持续发展，得到了社会各界的认可和高度评价。未来，依托在人才、技术和平台方面的优势，新疆农业科学院植物保护研究所将围绕自治区农业高质量绿色发展，聚焦新疆农业主导产业发展的重大技术需求，进一步优化学科结构，不断提高创新能力，以新疆优势特色农作物、果树重大有害生物、农林外来入侵生物成灾机制、监测预警和防控关键技术的研究与应用为抓手，为新疆农业高质量发展和农业现代化提供强有力的科技支撑。