十六团棉花综合试验站位于阿拉尔市第一师16团，2007年始建，占地220亩，是兵地联合共建基地。投入研究人员12人，研究员3人、副研究员2人、助理研究员1人，研究实习员6人，其中博士2人、硕士4人，学士6人。设有品种示范区、品种选育区、常规试验区、抗病鉴定区、抗旱鉴定区及耐盐碱鉴定区。主要依托国家产业体系岗位科学家、国家自然基金、国家重点研发、国家转基因重大专项、自治区重大专项等项目，着重开展早熟、优质、机采、丰产、多抗等多类型棉花新品种选育；耐高温、耐盐碱、抗旱、抗病虫、高产优质特异资源创制；新品种、新技术示范推广；信息化、智能化技术集成研究等工作。为中国棉花可持续发展提供品种及技术支撑，同时还为各院校大学生实习、人才培养提供基础平台。

试验站成立以来，执行国家、自治区及兵团等项目30余项，育成品种14个、获得植物新品种保护权8项，获批国家发明专利6项、软件著作权12项，主持编制国家及自治区标准25项，主编著作8部、参编著作12部，主持摄制科教片及科普光盘3部，发表论文100余篇（其中SCI收录8篇）。先后获自治区科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖2项，全国农牧渔业丰收奖三等奖1项，兵团科技进步奖一等奖1项、三等奖1项，师市二等奖1项。