阿瓦提县棉花育繁综合试验示范基地始建于1997年，定位于棉花新品种选育、栽培新技术研发、新品种新技术示范推广、技术培训服务等工作。通过国家“十五”优质棉基地建设、高标准良繁田改造、长绒棉原原种扩繁基地建设等项目实施，科研基础与示范推广条件逐步改善。目前拥有长绒棉原（良）种加工生产线1条；高标准棉花育繁综合示范田600余亩，其中核心试验田150余亩，蓄水池9000立方米；科研办公及试验、挂藏、资源室650平方米；组建了近300万元的仪器的棉花生理生态常试验室1个。

基地以农民增收、效益突出、产业升级为目标，依托“三个平台、一个中心”（阿瓦提县棉花育种家基地、农业部长绒棉原原种扩繁基地、高标准的棉花育繁基地；新疆长绒棉研发中心），针对区域特点及当地农业生产特点，通过科研项目，积极与中国农大，新疆农大，山东棉花研究中心等区内外科研单位合作，提升科研能力与水平，打造优势学科。

借助棉花育种家基地原（良）种加工生产线，年生产原（良）种300左右，有效防止了扩繁品种的混杂，良种提纯复壮效果显著。保证了种子企业对优良扩繁品种的有效供给，借助种子企业资源优势，推广优良品种6个，其中长绒棉品种5个，均成为当地主栽品种，品种+技术累计推广2100余万亩，满足了棉农对高质量生产用种的需求，促进了品种的更新换代。针对当地长绒棉产业结构，近年来重点进行了机采长绒棉全程机械化研究，先后与新疆雅戈尔、新疆溢达等国内高端纺企合作，发展优质长绒棉订单农业，示范带动效果明显，为新疆长绒棉特色产业健康发展提供技术支撑。

由于该基地成效显著，曾被阿瓦提县人民政府授予“科普教育基地”，与新疆农业大学合作成立“产学研联合培养基地”，与新疆雅戈尔合作成立“科企协同创新中心”，是自治区气象局“农业气象观测基地（长绒棉）”、自治区农业农村厅“棉田农情监测点”、国家农业科技创新联盟“农业环境数据监测中心”、国家农业科技创新联盟“土壤质量数据监测中心”等。

通过多年努力，棉花育繁综合试验示范基地为当地农业发展做出了较大贡献，目前该基地已成为集棉花育种、高产、高效、节水及新技术示范为一体的南疆区域性综合示范窗口。