棉花种质资源研究室现有在岗研究人员5人。其中高级职称3人、中级职称1人，初级职称1人。

自1992年成立以来，主要开展棉花种质资源的收集引进、鉴定评价、保纯繁殖、编目入库、创新利用等方面的研究工作。主持承担了国家“九五”至“十三五”棉花种质资源科技攻关项目（子课题），连续18年主持承担了国家农业部种质资源保护专项（子课题）。主持、参与承担国家、自治区棉花种质资源、品种改良、国际合作等方面的项目60余项。

在棉花种质资源材料的收集引进保存方面，作为省级专业棉花科研单位，收集、保存有美国、澳大利亚、埃及、中亚植棉国等国外以及国内黄河、长江流域棉区、新疆棉区（包括品种、品系、育种中间材料等）各类种质资源材料近万份。

在棉花种质资源表型性状鉴定评价研究方面，开展了生物学性状、农艺学性状、纤维品质、抗逆性等超过40项的性状的全面系统规范的观察鉴定、测试分析研究，初步形成了具有一定规模和地方特色的新疆棉花种质资源数据库。入选提交国家中、长期库保存各类新种质资源材料1700余份，部分优良种质材料性状指标被做为性状优良性标准被国家数据库收录。

在上述工作的基础上，通过传统遗传改良技术结合分子标记辅助育种技术等，积极开展特异种质资源材料的创新创制研究工作，创制选育出一批优质、大铃、高衣分、早熟、抗逆、适合机采等优异种质资源材料。不仅为丰富充实国家棉花种质资源做出了贡献，也提高了我区相应的研究水平，使之更加系统化、科学化，使新疆的棉花种质资源研究工作在传统基础研究层面与国家整体水平保持一致。促进了新疆棉花品种性状改良研究工作的有效开展。

经过长期发展，在南疆库车市建设有新疆棉花种质资源研究基地（新疆农科院库车陆地试验站内），具备较完善的棉花种质资源收集保存、鉴定评价、保纯繁殖的硬件设施基础条件。

在积极开展棉花种质资源相关研究工作的同时，注重发挥区位优势，在棉花种质资源、新品种选育、高产优质高效现代农业生产技术示范推广等领域与塔吉克斯坦等中亚植棉国开展了富有成效的交流与合作，拓宽了新疆棉花种质资源收集引进渠道，提高了我国棉花科技在中亚地区的影响力。

“十四五”及以后，课题组将加强分子生物学技术方法的研究应用。重点开展高产优质抗病抗逆特异种质资源基因挖掘、材料创制方面的研究，同时开展棉花种质资源高效精准鉴定和保护技术研究开发。