微生物检测研究室利用先进仪器开发微生物产品及土壤、肥料、饲料、食品和特定成分的检测新技术、新方法；面向社会提供微生物产品及相关检测服务、技术交流与培训等。

研究室现有检测人员8名，其中高级职称6人；具有检测实验室面积200 m²，配备气相色谱-串联质谱仪、液相色谱-串联质谱仪、液相色谱、气相色谱等精密检测仪器，检测土壤和肥料的养分含量等专用及配套的常规检测设备，能够满足微生物检测领域的大多数检测需求。未来，依托本研究室的人才和技术优势，建立新疆首个以微生物检测为主体，覆盖土壤、肥料、饲料、食品等相关产品（样品）的微生物及其特定成分检测，具有检验资质的开放共享检测平台，满足社会对微生物检测的需求，并在检测方法开发、科技创新和技术交流方面，为单位的科研事业提供技术支撑。