农业环境微生物研究室主要研究方向：一是农业有机废弃物资源化处理，包括棉秸秆、林果修剪枝条肥料化、基质化、能源化利用；二是畜禽肠道微生态制剂研发与应用效果评价；三是发酵食品微生物制剂研发与应用效果评价。研究室现有成员9人，其中研究员1人，副研究员5人，博士2人，设有“农业有机废弃物资源化利用”和“微生物生态与无抗养殖”两个创新团队。

近年来，本研究室承担国家级科研项目、省部级科研项目、地方项目等累计30余项。研究获得国家授权发明专利14项，发表核心期刊论文40余篇，期中SCI5篇，软件著作权5项。开发出适宜新疆农业生产的生物有机肥、牛羊粪（秸秆）腐熟剂、低温沼气发酵促进剂、食用功能微生物等5个产品，上述技术产品应用取得了显著经济生态效益。

未来，研究室坚持以农业绿色发展理念为引领，从农业环境微生物演替规律、互作机制研究及有益环境微生物开发应用入手，着重开展农业秸秆、畜禽粪便的资源化利用、肠道微生态制剂的创新与集成，培养和汇聚一批高水平研发队伍，开发具有市场前景的技术和产品，为新疆农业绿色和高质量发展提供技术支撑。