新疆农业科学院农产品贮藏加工研究所（以下简称“加工所”）于2009年12月由自治区编办批准成立，2010年6月正式组建，是新疆农业科学院最年轻的研究所，专业从事农产品贮藏保鲜、精深加工、功能性食品研究和工程化技术示范推广工作的公益性科学研究机构。

现设有四个研究科室（农产品贮运保鲜、农产品精深加工、功能性食品及营养、粮油加工和主食化）和管理科室（综合办公室、财务管理办公室）。全所正式在编职工17人，其中：中共党员16人；正高级职称5人，副高级职称8人，中级职称4人；博士（含在读3名）12人。现拥有6个省部级科研平台和100余（台）件仪器设备。

加工所学科建设紧紧围绕“四个面向”和自治区农产品加工业科技需求，建所至今，主持国家级、省部级项目60余项。获得省部级以上奖励10余项，其中农业部神农中华农业科技奖1项，自治区科技进步二等奖5项，自治区科技进步三等奖4项；2022年2月19日，加工所申报的“新疆特色瓜果贮运加工关键技术创制与集成应用”拟获得自治区科技进步奖一等奖（该奖项已在2021年度自治区科学技术奖特等奖拟奖励人员和拟奖励成果中进行公示）。获得国家发明专利40余项，计算机软件著作权20余项；发表论文200余篇，其中SCI/EI收录40余篇；发布行业标准1项，地方标准20余项。研发新技术10余项，新装置3台/套，开发新产品30余个。

加工所坚持“科研立所、人才强所、创新兴所、服务产业”的指导方针，以提高自身科研自主创新能力为核心，重点面向自治区南疆深度贫困地区，积极介入脱贫攻坚和乡村振兴战略任务；攻坚克难，努力研发创新的适用技术，从源头解决我区农产品出村进城“最初一公里”的关键问题。自成立以来，一步一个新台阶，一年一个新突破，加工所从党建、科研/成果、学科/平台建设、人才培养、精神文明建设等方面取得了显著的成绩。