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新疆农业科学院农产品贮藏加工研究所现有所领导2人,其中包括党支部书记1人,所长1人。目前有4个科研团队:农产品贮运保鲜、农产品精深加工、功能性食品及营养、粮油加工和主食化;2个自治区级科研支撑平台:新疆主要农副产品精深加工工程技术研究中心,新疆农产品加工与保鲜重点实验室。加工所下设管理机构包括综合办公室及财务管理办公室。