新疆主要农副产品精深加工工程技术研究中心组建于2012年，2016年经自治区科技厅验收批准挂牌。依托单位为新疆农业科学院农产品贮藏加工研究所，研究领域为新疆农副产品精深加工（包括果蔬加工工程化技术研发与推广、粮棉油等加工副产品综合利用技术研发），重点开展果蔬节能提质联合干燥加工工程化技术研发与推广、主要农产品加工副产物高效利用加工技术研发及特色传统食品工业化。工程中心现有固定科技人员27名。其中高级职称人员15名、中级10名、初级2人；博士后及博士13名、硕士12名、学士学位2人，其他6人。同时还聘请国内外知名专家、学者10人作为客座研究人员进行科学研究、人才培养工作。

现有果蔬联合干燥实验室、面制品烘焙实验室、粮棉副产品综合利用实验室、农产品品质物性测定实验室4个实验室及植物油冷榨中试车间等3个中试车间，合计250㎡。现有食品物性测试仪、气相离子迁移色谱仪、高效液相色谱仪、近红外品质分析仪、色差仪等分析检测仪器；果蔬UHT瞬时灭菌机、热泵干燥冷藏一体机、果蔬膨化设备、真空冷冻干燥、微波真空干燥、喷雾干燥、植物冷榨油机、压滤机、亚临界萃取装置等中试设备近30台，价值500余万元。